【R言語】FactoMineRとfactoextraパッケージで主成分分析②

FactoMineRとfactoextraパッケージで主成分分析

主成分分析の結果を階層型クラスター分析でクラスタリングする。

#階層型クラスター分析の結果を主成分分析を使って可視化する

data("USArrests")
head(USArrests)

res_pca <- PCA(USArrests,ncp=3,graph = FALSE)

res_hcpc <- HCPC(res_pca,graph = FALSE)

#デンドログラムをプロット
fviz_dend(res_hcpc,
          cex=0.7,#ラベルサイズ
          palette ="jco",
          rect=TRUE,rect_fill=TRUE,
          rect_border="jco")

デンドログラム

#主成分得点をプロットする
fviz_cluster(res_hcpc,
             repel = TRUE,
             show.clust.cent=TRUE,
             palette="jco",
             ggtheme = theme_minimal(),
             main="Factor map")

主成分得点プロット

・感想
FactoMineRとfactoextraパッケージがあると楽ですね。